İlk Osmanlı medresesi İznik'te kurulmuştur. Bu medresenin ilk öğretmen Davûd el-Kayserî'dir. Bu ilk dönemde medrese müfredatında hangi Kelâm kitaplarının olduğunu bilmiyoruz. Osmanlı medrese müfredatında kelâm kitaplarının dâhil edilmesi, Fatih döneminde zorunlu hale getirilmiştir. Kelâm ilmi medreselerde en parlak dönemi, Fatih dönemidir. En önemli Kelâm âlimleri bu dönemde yaşamış olsa da kelâm, Kelâm, akli bir ilim olarak değerlendirilmiş olduğundan yüksek medreselerin müfredatına girememiştir. Kanûnî Sultan Süleyman sonrası dönemde, birçok sebebe bağlı olarak medrese eğitimi bozulmaya başlamıştır. Medresedeki eğitimin bozulması, eğitim sürelerinin kısalması, yüksek Kelâm kitaplarının müfredattan çıkarılmasına yol açmıştır. Kadızâdeliler hareketi, medrese öğrencilerinin isyanları, Safevî-Şiîlerin yol açtığı problemler, medrese eğitimine zarar vermiştir. Klasik dönem Osmanlı medreselerinde, Şerhu'l-Mak?sıd, Şerhu'l-Mevakıf gibi yüksek Kelâm kitapları müfredatta yer alırdı. 16. yüzyıl sonrasında, bu kitapların yerini daha düşük düzeyde kabul edilen Şerhu'l-Ak?id ve Molla Celâl kitapları almıştır. Bununla birlikte, medrese müfredatında, her dönem yer almıştır.Medreselerin ıslahı döneminde ise müfredat programlarında en önemli yer, Kelâm eğitimine verilecektir.